Най-вероятно проблема е в договорите на служителя. Тъй като Омекс2000 е програма за кадри и заплати едновременно (независимо дали сте си купили само заплати),  ако въвеждате на служителите договори и споразумения, то те трябва да се въвеждат стриктно, защото при приключване на месеца, на служителите се пренасят като данни за заплата стойностите от последния активен документ или който програмата прецени , че е в сила - във вашия случай явно това е трудов договор, в който не е въведен правилно трудовия стаж.

Стажа се въвежда в трудовия договор на лицето към датата на постъпване и оттам програмата го изчислява към 1-во число на месеца в "заплати".

Решението на проблема е:

1. Или въвеждате договорите/споразуменията стриктно, или не въвеждате никакви договори, а само попълвате необходимите данни в бутон "Заплата".

2.Стартирате  "Омекс интегратор" , оттам избирате "Настройки на Омекс сървър", отивате на "Изчисления" и махате отметката от полето "Пренос заплата при месечно приключване". Така програмата повече няма да ви пренася стойностите от договорите, а ще остава това, въведено в бутон "заплата"