При всеки ъпгрейд(инсталиране на нова версия на Омекс 2000) е нужно базите данни да бъдат "обновени". Това е процес, при който се извършват промени върху базите данни , така че те да отговарят на изискванията на новата версия.

Обикновено след инсталиране не е нужна намеса от  потребителя. При отваряне на база данни, Омекс 2000 проверява дали базата е обновена до последната версия и извършва автоматично обновяване ако се налага.
В някой случаи (при масивно промени във формата на  данните)  тази операция не може да бъде извършена автоматично и се налага потребителят да стартира операцията ръчно.
За целта следва да се извършат следните стъпки (от машината сървър):

1. Спиране на Омекс Сървър
Стартира се Омекс Интегратор, клика се Управление на Омекс Сървър и се клика бутон Спиране.
2. Стартира се Омекс Интегратор
3. Стартира Актуализация на БД
4. Клика се бутон Напред
5. Маркират се всички фирми от списъка
6. Маркира се отметката Безусловно обновяване
7. Клика се бутон Напред
8. Клика се бутон Изпълнение и се изчаква приключването на процеса
9. Стартира се Омекс Сървър
Стартира се Омекс Интегратор, клика се Управление на Омекс Сървър и се клика бутон Пускане.